Mitte des 21. Jahrhunderts leben Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) und Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) in einer hermetisch abgeschotteten High-Tech-Wohnanlage. Sie alle hoffen irgendwann auf "Die Insel" reisen zu dürfen: die letzte unverseuchte Oase auf der Erde. Doch dann entdecken sie die Wahrheit: Sie sind Klone, die nur so lange leben, bis sie als menschliche Ersatzteillager ihren wahren Zweck erfüllen. Deshalb wagen sie die todesmutige Flucht und müssen sich plötzlich in einer fremden Welt zurechtfinden, während ihnen eine Truppe bewaffneter Söldner immer dicht auf den Fersen ist. Aber sie setzen ihr Leben und ihre Freiheit aufs Spiel, um diejenigen zu retten, die zurückbleiben mussten - und um die Wahrheit über die Insel ans Licht zu bringen.