Larry (Ben Stiller), inzwischen erfolgreicher Geschäftsmann, erreicht den Hilferuf von Miniatur-Cowboy Jedediah (Owen Wilson): Die Exponate im New Yorker Naturkundemuseum wurden durch Hologramme ersetzt und die Originale zur Archivierung ins Smithsonian Museum, dem größten Museum der Welt, nach Washington D.C. geschickt. Doch bevor sie im Archiv verschwinden sollten, wurden sie, inklusive des ägyptischen Herrschers Kahmunrah (Hank Azaria), versehentlich zum Leben erweckt. Der Pharao will seine Armee auf das Museum und danach auf die ganze Welt loslassen. Larry eilt nach Washington, um die Ordnung im Museum wiederherzustellen...