Das Jahr 2089. Verstreut über die gesamte Welt entdeckt die Forscherin Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) mysteriöse Zeichen, die alle auf dasselbe Ziel im Weltraum deuten. In Begleitung des Androiden David 8 (Michael Fassbender), zwei Vertretern von Weyland Industries (Charlize Theron und Guy Pearce) und dem restlichen Team der „Prometheus“ folgt sie den Hinweisen zu den Ursprüngen des menschlichen Lebens. Ihre gefährliche Expedition führt sie in eine der dunkelsten Ecken des Universums, wo sie sich einem Kampf stellen müssen, der über die Zukunft der Menschheit entscheiden wird.