Admiral James T. Kirk (William Shatner) bekommt das Gefühl, dass die Zukunft nicht annährend die Abenteuer für ihn bereit hält, die er in der Vergangenheit erleben durfte. Er denkt langsam, dass es etwas für die Jüngeren ist, im Kosmos herum zu galoppieren. Bei einer Routine-Inspektion der U.S.S. Enterprise nimmt seine Karriere eine erneute Wendung, als er auf seinen rachedurstigsten Todfeind trifft: Khan Noonien Singh (Ricardo Montalben), der genetisch verbesserte Eroberer von der Erde aus dem 20. Jahrhundert. Khan entkommt aus seinem vergessenen Gefängnis und will einerseits das Genesis-Projekt an sich bringen, um gottgleiche Macht zu bekommen und andererseits Kirk zerstören.