"Star Trek: Prodigy" folgt den intergalaktischen Abenteuern von sechs Teenagern, die sich auf der Suche nach einem besseren Leben ein verlassenes Raumschiff der Föderation geschnappt haben. Als totale Außenseiter wissen sie nichts über das Schiff, das sie beschlagnahmt haben - ein Novum in der Geschichte von Star Trek, aber im Laufe ihrer gemeinsamen Abenteuer werden sie in die Sternenflotte und die Ideale, die sie vertritt, eingeführt.

In Staffel 2 von "Star Trek: Prodigy" erwarten die Crew der USS Protostar brandneue Abenteuer, diesmal an Bord der Voyager-A. Sie organisiert die Rettung von Captain Chakotay und wird mit einer Friedensmission auf den Heimatplaneten von Gwyn geschickt. Doch ihr Plan geht schief und ein Zeitparadoxon entsteht, das sowohl ihre Zukunft als auch ihre Vergangenheit gefährdet.